１６９６年、三代福岡藩主・黒田光之に仕えていた立花実山が本寺を建立。
実山は、千利休の秘伝書「南方録」を世に伝えた人物。
東林寺では「卍山和尚語録」や立花実山の獄中日記である「梵字艸（ぼんじそう）」を所蔵。